Как сообщал РБК Краснодар, в сезоне-2017/18 «Кубань» заняла девятое место в первенстве ФНЛ. Однако 14 мая Российский футбольный союз отказал краснодарскому клубу в выдаче лицензии на участие в первенстве Футбольной национальной лиги из-за задолженностей перед «субъектами футбола», превышающими 700 млн рублей.
В начале мая Арбитражный суд Краснодарского края ввел процедуру наблюдения в отношении НАО «Футбольный клуб «Кубань». Решение было принято по итогам заседания суда по заявлению ФНС России в лице ИФНС № 4 по Краснодару о банкротстве клуба из столицы Краснодарского края. Временным управляющим ФК «Кубань» был утвержден член ассоциации АУ «Гарантия» Иван Конев. 30 мая в интервью СМИ Конев сообщил, что дебиторская задолженность клуба в 2017 году существенно сократилась: с более 3 млрд до 780 млн рублей.
«Иногда нужно сделать перезагрузку, шаг назад, чтобы потом совершить три шага вперед. Платить по непонятным счетам и непонятным долгам не хотят ни инвестор, ни спонсор. Эти люди умеют зарабатывать. Сумма задолженности, которая уже обозначена, и непонятные контракты отпугивают многих потенциальных партнеров клуба. В последние годы постоянно всплывало, что ФК «Кубань» опять кому-то должен, что на нем висят непонятно какие контракты и отступные за каких-то футболистов. Это говорит о следующем: что бы мы ни сделали, «Кубань» будет все время находиться в состоянии турбулентности, поэтому нужна именно перезагрузка. Я уверен, «Кубань» вернется, но — очищенным, обновленным клубом, способным штурмовать футбольные вершины», — прокомментировал ситуацию с ФК «Кубань» Вениамин Кондратьев.
В апреле 2018 года Арбитражный суд Краснодарского края по требованию РФС разрешил НАО «Футбольный клуб «Кубань» провести реорганизацию и образовать дочернее ООО «Футбольный клуб «Кубань», к которому перейдут обязанности по выплате 709 млн руб. «субъектам футбола».
В начале июня нынешнего года вице-губернатор Краснодарского края и куратор ФК «Кубань» от администрации Андрей Коробка рассказал, что руководство клуба подало заявку на участие в сезоне-2018/19 Профессиональной футбольной лиги. При этом Коробка отметил, что как минимум на два ближайших сезона команда будет выступать под другим названием и сменит клубную эмблему.